Nel 1104 viene ultimata la costruzione della cattedrale iniziata nel 1062; in occasione dell’elezione del nuovo vescovo si decide di rinnovare il volto della città.
Vero gioiello della cattedrale è però la cripta, situata sotto il presbiterio e le cui dimensioni sono di 8 m. per 19 m. La cripta si presenta divisa, come la chiesa soprastante, in tre navate traverse da due file di colonne su cui poggiano gli archi che sostengono le ventuno volte con cui è coperta l’intera area. Vi si accede tramite le scale in fondo alle due navate; inizialmente l’ingresso doveva essere un passaggio segreto capace di difendere i tesori ivi nascosti; questa infatti l’originaria destinazione del luogo (dal greco Kryptòs= nascosto).
Dagli Acta Sancti Magni sappiamo che il vescovo Pietro depose le reliquie di San Magno nell’altare maggiore, quelle delle Sante Secondina, Aurelia e Neomisia nell’altare di sinistra e quelle di altri martiri nell’altare di destra. Nel 1133 l’antipapa Anacleto II consacrò l’altare della parete sinistra a Sant’Oliva. Nel 1231 il pavimento venne realizzato a mosaico da Cosma e i due figli Luca e Jacopo.
Al suo interno la cripta è completamente ricoperta d’affreschi, in un perfetto stato di conservazione. I temi trattati dalle pitture si possono suddividere in quattro cicli: ” la creazione del mondo e dell’uomo secondo il modello Ippocratico in cui Dio crea l’universo fondendo i quattro elementi. ” Le storie dell’Arca dell’Alleanza, solo chi porta dentro di sé le leggi del Signore si salverà “.
L’Apocalisse , nel giorno del giudizio compare tra sette angeli e sette candelabri il tremendo Giudice; i cieli si aprono e ventiquattro vegliardi innalzano i calici profumati all’Agnello. L’agiografia locale: si vogliono mostrare ai fedeli i martiri, coloro che per seguire la legge del Signore sono stati capaci dell’estremo sacrificio e quindi glorificati.
Questi affreschi appartengono a tre diverse maestranze: Primo Maestro o Maestro delle Traslazioni operante (secondo alcuni studiosi intorno al 1104, secondo altri contemporaneo agli altri due artisti e quindi databile intorno al 1230). E’ a lui che si debbono gli affreschi di tutta la navata sulla quale si aprono le absidi (absidi comprese), la I e la II volta nella navata opposta e l’VIII e la XIII volta nella navata centrale. L’artista si collega alle esperienze della pittura romana del XII secolo tendente ad uno studio ed un recupero del repertorio ornamentale tardo classico ed alto -medioevale. Secondo Maestro, detto anche Pittore Ornatista per la sua incredibile abilità come decoratore, esecutore delle volte III, IV,e VII ; le volte XI e XII della navata centrale. Terzo Maestro, più noto come il Terzo Maestro d’Anagni, autore delle volte V e VI nella navata laterale e le volte IX e X nella navata centrale.
Roberto Longhi definì questo pittore il maggior artista della prima metà del ‘200. Quest’artista fu infatti capace di creare figure dotate di innovativo naturalismo, realizzando le sue scene in piena libertà tecnica, utilizzando schemi plastici ed espressivi che preannunceranno gli sviluppi della pittura con Giotto e Cimabue.